Ну, форматирование дает гарантию уничтожения всего и вся. То есть, у любой дряни не будет шансов зацепицца хоть за что-нибудь.
В ответ на: Для переустановки системы достаточно сохранить все нужные файлы в отдельной папке (можно даже на том же самом логическом диске), затем удалить папки WINDOWS, PROGRAM FILES, MY DOCUMENTS, а также все системные файлы из корневой директории
Я тоже так переставляю систему, но только когда винды засераюцца (от игрушек, например), а в данном случае, ИМХО, лучше переСТРАХовацца.