Вообще-то отпускные бухгалтерия должна начислять не по заявлению, а по приказу директора, который издаётся "кадрами" на основании заявления того, кто идёт в отпуск.

Это то, как должно быть.

Но у вас, скорее всего, кто-то в бухгалтерии  занимается в том числе и кадровой работой. Обычно так делают, если контора не более 25 чел.

При большем кол-ве сотрудникови при условии,что они разных специальностей с разными графиками работы,- можно закопаться.