1. Почистить временные файлы Windows
2. Проверить диск на наличие ошибок и "потерянных кластеров" утилитой chkdsk
Если посте этого потерянное дисковое пространство не появится - тогда уже думать дальше.

Но вообще самое правильное - это переустановить Винду с переформатированием винта.