Каминыч, ещё раз: Руст БЫЛ ОБНАРУЖЕН, причём неоднократно. И сбить его было - вообще нивапрос. Его просто не стали сбивать. А принудить его к посадке не получалось (эх, надо было ребятам из аэроклубов звонить!) Плюс - история с недавно сбитым корейским Боингом. А он продолжал нагло переть в сторону Москвы.
Возможно, замешательство было целенаправленным - ибо, как сказано в вики, Горбачёв и так точил зуб на командование, а тут представился случай.

Томагавк же - совсем другое дело, тут не возникает вопросов "сбивать-не сбивать". А технологии обнаружения низколетящих цели уже давно существуют. И, кстати, скорость у него достаточно невысокая - дозвуковая.