Вот, набросал регулярку. Вроде всё учёл, кроме русских ссылок

Ну и учёл пересохранение чтобы по нескольку раз одно и тоже не обвалакивалось.
Может, поможет

$text = '
Попробую показать на скринах
Вот такой текст со ссылкой http://www.ya.ru/d?x=1&y=2&%D
Новая строчка
http://www.ya.ru/d?x=1&y=2&%D
';
$text = preg_replace("/[^="](http(?:s|):\/\/([\w\-\.\?\&\=\/\d\%]+))/", '$2', $text);
echo $text;
?>

Там только в коде вместо символа $2 должно быть <a href с двумя "карманами" $1 и $2
В первом ссылка с http во втором - без
Автозамена убила это.