Просто агенства типа Expedia не просто крупные - они ОЧЕНЬ крупные. И дают весьма большие объемы продаж авиакомпаниям. Что позволяет агентствам требовать от авиакомпаний весьма приличное агентское вознаграждение, частью из которого они иногда делятся со своими клиентами.
В принципе, авиакомпания может отказаться от сотрудничества с агентствами... но вся беда в том, что основний потребитель услуг авиакомпаний - среднестатистический североамериканский (европейский) гражданин весьма туповат, и он не станет ради экономии нескольких долларов (евро) шарить по дюжине разных сайтов, он предпочитает ВСЮ свою поездку, начиная от авиабилетов и заканчивая арендой автомобиля в аэропорту, организовать через одно агентство (например, ту же Экспедию). И если какая-то авиакомпания на Экспедии не представлена - то ее для этого гражданина просто не существует. Он не будет рыться на просторах инета в поисках ее сайта, пытаться понять незнакомый ему иностранный язык и т.д. - он просто не купит билетов.

Теперь понятно?