Вы про сдвоенное "с" или про заглавные "КС"?
Сдвоенное "с" - вроде как, так правильно, во всяком случае, в википедии и иже с ними - со сдвоенным "с". Да и по-английски изначально transsexual.
А заглавное "КС" - дань сеКСталку Ничего личного, никаких подколок.